Scritta e diretta da Pasolini, la Medea venne realizzata nel 1969, due anni dopo l'Edipo re. Girata parte in Cappadocia, parte in Italia (Corinto è ricreata nella Piazza dei Miracoli di Pisa), sottolinea anche attraverso la duplice ambientazione lo scontro fra due universi inconciliabili, destinati a fronteggiarsi in un conflitto in cui o l'uno o l'altro non può che soccombere. Il tema del film è duplice: l'utopia della pacifica coesistenza di identità fra loro distanti ma comunque complementari e necessarie al reciproco compimento, da una parte, e dall'altra la presa d'atto della loro impossibile convivenza. Il linguaggio cinematografico, visivo e immediato, era per Pasolini quello più aderente alla Realtà, l'unico davvero in grado di esserne specchio fedele, di riprodurla senza l'inevitabile limite che è proprio del linguaggio verbale. Tuttavia la sua regia è stilisticamente consapevole e dunque interpreta la realtà alla luce di un'ideologia personale ben definita: tecniche di inquadratura (i primi piani sulla splendida Medea-Callas, lo sguardo in camera di Giasone prima del rapporto erotico, uno sguardo da trionfatore un po' opportunista, così incommensurabile rispetto alla profondità di quello femminile), dialoghi, musiche e silenzi obbediscono a una regia sapiente e convergono sul messaggio fondamentale del film. Il giovane Giasone, con i suoi Argonauti muove alla volta del Colchide per recuperare il Vello d'oro, che sarebbe in grado di rendere più forte e fertile chi la possiede; la maga Medea, affascinata da Giasone lo aiuta a rubare l'amuleto, e fugge con lui. Giasone sposa Medea ed hanno due figli, tuttavia poco dopo ripudia sua moglie per sposare la giovane Glauce, figlia del re di Corinto. La vendetta di Medea, folle di gelosia, sarà atroce.
Distaccandosi dalla tragedia di Euripide, che resta comunque il modello di riferimento (Pasolini ne trae parte delle battute dei personaggi, citando alla lettera il testo greco), il film si apre sull'antefatto, con Giasone bambino, salvato, allevato, educato dal Centauro, che è la figura più autobiografica del film, quella che più incarna ed esprime l'ideologia del regista, il suo punto di vista sulla vicenda che si viene raccontando. I passaggi rivelatori, sono proprio quelli in cui Giasone ascolta gli insegnamenti del Centauro, suo Padre-Maestro (collocati al principio e a metà del film): a un certo punto si dice anche esplicitamente che il Padre-Maestro rappresenta la proiezione mitica dell'interiorità dello stesso Giasone, in se stessa divisa, fra la componente ancestrale (di cui è Medea il simbolo, ma che è presente allo stato inconscio anche in Giasone) e quella moderna, razionale e consapevole. Sul piano ideologico, il punto fondamentale è proprio questo: il mondo che Giasone vede da bambino è un mondo sacro, in cui tutto è abitato da un Dio, e la natura è soprannaturale, ha un significato che va oltre la sua materialità: "Tutto è sacro", afferma il Centauro. Il mondo che Giasone vede da adulto invece è un mondo sconsacrato, in cui non c'è più traccia della divinità, in cui la materia non ha significati oltre a se stessa e la natura è solo natura. In questa prima parte del film l'antitesi sacro/sconsacrato si percepisce quindi come frutto di un'evoluzione naturale, di una crescita, dall'infanzia all'età adulta, dal mondo mitico a quello razionale, dal primitivo all'evoluto. Tanto che Giasone, ormai uomo, parte per un'impresa politica: deve riappropriarsi del trono che legittimamente gli spetta, usurpato dallo zio Pelia, e per riuscirci deve sottrarre il Vello d'oro al re della Colchide, padre di Medea. Giasone si muove in un'ottica di calcolo: l'ottica del capitalismo borghese (questo, come vedremo, è un altro dei livelli di lettura del film: in chiave politica e sociologica: il mondo pre-industriale, con i suoi valori tradizionali e il suo volto primitivo ma ricco di significati autentici contrapposto al volto nuovo della modernità industriale e capitalistica, aggressiva, conquistatrice e vincente, ma superficiale e priva di valori). La trasformazione attraverso cui passa Medea non ha invece il carattere di un'evoluzione graduale e naturale: è un cambiamento rapido, e traumatico (reso nel film con il suo svenimento), una conversione, dal sacro allo sconsacrato, dal mitico al razionale, provocata dall'irruzione di un elemento esterno e straniero. Medea cambia nell'istante in cui vede Giasone, innamorandosene. A questo punto, a sottolineare il mutamento avvenuto, cessa la musica barbarica che commenta le scene ambientate nella Colchide e soprattutto accompagna la presenza di Medea. L'incontro con l'Altro la fa incontrare con l'Altro che è in lei. Tuttavia non è un incontro positivo: quello che Medea vive con drammatico disorientamento è piuttosto la perdita della sua identità originaria, la perdita del contatto con il sacro, con la Terra e con il Sole, che ora sono muti per lei, non le parlano più, così come i sassi e l'erba sono solo sassi e erba, non hanno più per lei i significati che avevano prima. È forte il contrasto fra la Medea che nella prima parte del film celebra il rito di fertilità, officiando, lei sacerdotessa regale, il sacrificio umano, sicura, forte del suo rappresentare tutta una civiltà di valori e di tradizioni, e la Medea che approdata in Grecia non riconosce più quella stessa natura che prima le era innato riconoscere. Da un articolo che Pasolini scrisse e pubblicò nel '67 si evince chiaramente che il codice di valori della Medea "antica", che è lo stesso del Vecchio Centauro (che Giasone vedeva da bambino, ma non più da adulto), è anche quello dell'autore. Accade poi che la perdita dell'"antica" identità si compensa nell'acquisto dell'amore: l'oggetto sacro viene sostituito da quello erotico: Medea si perde come "donna antica" ma si ritrova nell'amore fisico per Giasone, abbandonandosi a esso con la stessa totalità con cui prima aveva vissuto il rapporto con il sacro. Per amore di lui tradisce i suoi, ruba il Vello (emblema di una santità che sottratta al proprio contesto si svuota e perde anch'essa il suo significato), uccide il fratello per agevolare la fuga degli Argonauti, si lascia portare lontano dalla terra che è sua per arrivare ad un'altra che le è nuova e ostile, si lascia spogliare dei suoi abiti sacerdotali e regali e rivestire di vesti greche. L'amore è sufficiente a compensare il disorientamento e la perdita. Una nuova crisi la colpisce nel momento in cui l'amore viene tradito, cioè quando Giasone, seguendo una logica di convenienza economica e politica, pianifica nuove nozze con Glauce, figlia del re di Corinto, abbandonando il letto della prima sposa e i due figli avuti da lei. È a questo punto che le parole di un'ancella consentono a Medea di vedersi per quella che è diventata, un'Altra da sé, e di riappropriarsi del suo Sé originario. La coscienza razionale della sua "catastrofe spirituale", "del suo disorientamento di donna antica in un mondo che ignora ciò in cui ha sempre creduto", è il punto di partenza per la sua nuova conversione, per il ritorno a quella dimensione sacra e ancestrale da cui si era separata. Medea da vittima passiva della propria vicenda si rovescia in soggetto attivo, la sua intima catastrofe si volge in una catastrofe esterna, che annienterà i suoi nemici. Risuonano le parole profetiche del Centauro, pronunciate nelle prime sequenze della pellicola: "tutto è santo. Ma la santità anzi è una maledizione. Gli dèi che amano al tempo stesso odiano". Il Vecchio Centauro si è risvegliato, ed è inoltre forte della lucida coscienza pragmatica del Centauro Nuovo: Medea, spinta da sentimenti ancestrali, può mettere in atto la sua strategia di vendetta contro gli oltraggi subiti da parte di Giasone e di Creonte, nel nome di Dio e della Giustizia, nel segno della ritrovata comunicazione con il Sole, il padre di suo padre. Riacquista, nella visione profetica, i suoi abiti sacerdotali e regali, riassume la sicurezza dello sguardo e delle decisioni, simula la riconciliazione con il marito e l'accettazione delle sue nuove nozze, fino al tragico epilogo, della morte di Glauce in seguito al suo dono nuziale e dell'uccisione dei figli. È importante l'innovazione che Pasolini introduce rispetto al modello euripideo. Nella tragedia classica Glauce muore perché l'abito che Medea le invia è imbevuto di veleno: la ragazza è arsa dal rogo che si sprigiona dal velo e dalle vesti, e con lei il padre che tenta disperatamente di salvarla. Questo è quello che la Medea di Pasolini vede nella sua visione profetica: qui rivivono il mito e il sogno. Ma quello che poi accade nella realtà è molto diverso, molto più realistico. Glauce qui non muore per un veleno ma muore schiacciata dalla sua fragilità, che il padre aveva intuito e tentato di arginare condannando Medea all'esilio perpetuo. Parlando a Medea, Creonte le svela infatti il vero motivo della sua decisione: Medea fa paura e deve andarsene non perché barbara, venuta da una terra lontana e straniera, né perché maga, ma perché Glauce, conoscendo la sua sofferenza di donna tradita e umiliata, patisce un dolore altrettanto grande, che le rende insopportabile il pensiero delle nozze con Giasone. Un passaggio fondamentale è il momento in cui Glauce, indossato l'abito inviatole da Medea, si vede riflessa nello specchio: nella sua rivede forse l'immagine di Medea, sposa tradita, e non sopportando il peso della propria colpa fugge fuori dalla reggia e si lancia dalla torre, seguita dal padre. Un doppio suicidio indotto non dalle arti magiche ma dalla finezza psicologica di Medea. Il contrasto fondamentale, l'antitesi sulla quale si costruisce la vicenda, funziona quindi su tre livelli. Il primo, il più evidente, è quello antropologico, che oppone la civiltà greca, "umana", alla "disumana" primitività barbarica. Il contatto fra le due produce non integrazione, ma distruzione nell'una (che reagisce tentando di isolare e poi di rimuovere, con l'esilio o con l'oblio, l'elemento perturbante, facendosi così essa stessa "disumana" e attirando su di sé la vendetta del dio), alienazione nell'altra (Medea divenuta "un'altra creatura", Giasone adulto) . Un altro livello è poi quello psicanalitico: la razionalità di Giasone, l'Ego, che si scontra con l'irrazionalità totalizzante e distruttiva di Medea: l'Es, che rimosso riaffiora violentemente, rivendicando i propri diritti misconosciuti dall'Ego. Infine c'è un livello politico: lo scontro fra l'Occidente moderno, borghese e industrializzato, e il Terzo Mondo, legato a una cultura arcaica e ancestrale, asservito e sfruttato (tema che Pasolini svilupperà in Petrolio e negli Appunti per un'Orestiade africana). Il film insiste anche sulla necessità di una coesistenza dei due mondi, simbolicamente espressa nel momento in cui Giasone, dopo avere abbandonato Medea, proietta all'esterno il conflitto che ha rimosso, la sua percezione profonda di una realtà che la coscienza sceglie di ignorare: egli in realtà ama Medea e ne comprende e compatisce la "catastrofe spirituale". Giasone vede contemporaneamente, l'uno accanto all'altro, i due Centauri della sua formazione: quello Vecchio dell'infanzia e quello Nuovo dell'età adulta, il Sacro e lo Sconsacrato, quello che ormai non può più parlare, perché la sua logica è ormai talmente diversa da quella corrente che le sue parole sarebbero incomprensibili, e quello che invece condivide la logica del mondo attuale, e può, attraverso questa, dare voce ai sentimenti dell'altro. "Ciò che è sacro si conserva accanto alla sua nuova forma sconsacrata". L'epilogo tragico dichiara, nell'ultimo confronto fra le due alterità, Giasone e Medea, la loro definitiva separazione. Il passaggio dal sacro allo sconsacrato, dal primitivo al tecnologico, dal pulsionale al razionale, non può avvenire che a prezzo di una rimozione del primo elemento della polarità, ma questa rimozione è un errore ,psichico e culturale , che il secondo elemento deve pagare a un prezzo di sofferenza alto.
Tra Maggio e Agosto 1969 Pasolini girò, in Siria e in Turchia, Medea: era divenuto un regista di punta del cinema italiano e ciò gli procurò critiche di connivenza con il potere, poiché l'industria cinematografica rappresentava uno degli strumenti dell'omologazione di massa. Nel corso di una trasmissione televisiva a uno studente che gli rivolgeva appunto tali accuse, Pasolini rispose: "io strumentalizzo la produzione che c'è, la produzione che c'è strumentalizza me, vediamo un po' di chi sarà la vittoria finale".
La partecipazione, nel ruolo di protagonista, di Maria Callas, presentata a Pasolini dal produttore del film, Franco Rossellini, venne considerata un evento straordinario, perché la famosa cantante lirica, dopo avere interpretato sulle scene dei teatri d'opera di tutto il mondo Medea, l'opera di Luigi Cherubini, aveva già ricevuto offerte, sempre rifiutate, per una interpretazione cinematografica del personaggio. Nacque tra Pasolini e la Callas una grande amicizia che continuò anche dopo la lavorazione del film. Pasolini descrive così una scena di Medea e parla della scelta della Callas quale protagonista del film: "Nel fondo di una di queste vallette - sul greto del fiume - c'è intorno il grano e file di pioppi e ulivi spinosi, argentei contro il rosa delle centinaia di cuspidi -cammina verso di me e si imprime violentemente nella mia retina, una piccola folla assurda. Al centro c'è una figura femminile. Essa è coperta fino all'altezza del seno da un velo bianco[…] Essa procede così come una regina non vista. Dietro di lei, viene un altro gruppetto del seguito…"
" Ho pensato subito a Medea sapendo che il personaggio sarebbe stato lei. Delle volte scrivo la sceneggiatura senza sapere chi sarà l'attore. In questo caso sapevo che sarebbe stata lei, e quindi ho sempre calibrato la mia sceneggiatura in funzione della Callas. […] Cioè, questa barbarie che è sprofondata dentro di lei, che viene fuori nei suoi occhi, nei suoi lineamenti, ma non si manifesta direttamente, anzi, la superficie è quasi levigata, insomma i dieci anni passati a Corinto, sarebbero un po' la vita della Callas. Lei viene fuori da un mondo contadino, greco agrario, e poi si è educata per una civiltà borghese. Quindi in un certo senso ho cercato di concentrare nel suo personaggio quello che è lei, nella sua totalità complessa".
Pasolini sintetizzò i contenuti di questa sua opera cinematografica anche in una intervista a Jean Duflot:
"Ho riprodotto in Medea tutti i temi dei film precedenti. […] Quanto alla pièce di Euripide, mi sono semplicemente limitato a trarne qualche citazione. […] Medea è il confronto dell'universo arcaico, ieratico, clericale, con il mondo di Giasone, mondo invece razionale e pragmatico. Giasone è l'eroe attuale, che non solo ha perso il senso metafisico, ma neppure si pone ancora questioni del genere. È il "tecnico" abulico, la cui ricerca è esclusivamente intenta al successo. […] Confrontato all'altra civiltà, alla razza dello "spirito", fa scattare una tragedia spaventosa. L'intero dramma poggia su questa reciproca contrapposizione di due "culture", sull'irriducibilità reciproca di due civiltà".
Duflot gli chiese ancora se la narrazione mitica racchiudesse implicazioni storiche attuali, come in Edipo re, Il Vangelo secondo Matteo o Porcile.
"[…] potrebbe essere benissimo la storia di un popolo del Terzo Mondo, di un popolo africano, ad esempio", rispose Pasolini, "che vivesse la stessa catastrofe venendo a contatto con la civiltà occidentale materialistica. Del resto, nell'irreligiosità, nell'assenza di ogni metafisica, Giasone vedeva nel centauro un animale favoloso, pieno di poesia. Poi, man mano che passava il tempo, il centauro è divenuto ragionatore e saggio, ed è finito col divenire un uomo uguale a Giasone. Alla fine, i due centauri si sovrappongono, ma non per questo si aboliscono. Il superamento è un'illusione. Nulla si perde". Oltre al gran numero di attori non professionisti, come di consueto presenti nei film di Pasolini, vi sono in Medea le presenze, in ruoli principali, del campione di Atletica leggera Giovanni Gentile (Giasone), di Massimo Girotti (Creonte), di Laurent Terzieff (il centauro). Elsa Morante, infine, collaborò con Pier Paolo Pasolini alla scelta delle musiche: brani religiosi antichi dal Giappone, canti e danze d'amore iraniani. Pasolini parla di Medea come "la mescolanza un po' mostruosa di un racconto filosofico e di un intrigo d'amore". E' forse la summa del discorso dell'impossibilità dell'uomo di amare, in quanto Medea non solo non è corrisposta ma sacrifica prima se stessa per un uomo che poi la tradirà. Ma la donna, ancora una volta trattata come una prostituta (come nel periodo pasoliniano delle borgate), non si dà per vinta e accecata dall'odio compie un'orribile vendetta: sembra in un certo senso la rivalsa dello sventurato pasoliniano, ma non lo è affatto… Medea alla fine non otterrà nulla, come le avevano professato le ancelle, e farà soffrire Giasone, ma pure lei continuerà a soffrire, forse anche più di prima. Un discorso che ancora una volta colpisce tutti, e riconferma il fatto che l'amore, in Pasolini, è solo un'illusione.